首先，适用法律的问题目前，对民间借贷行为进行规范的法律有，民法通则和合同法;司法解释及相关规范性文件有，最高人民法院《关于人民法院审理借贷案件的若干意见》和《关于如何确认公民与企业之间借贷行为效力问题的批复》，以及针对当前宏观经济形势变化和民间借贷市场乱象发布的《关于依法妥善审理民间借贷纠纷案件促进经济发展维护社会稳定的通知》等规范性文件。司法实践中，对于民间借贷案件的法律适用较为混乱，从事民事审判的法官倾向于适用民法通则，从事商事审判的法官倾向于适用合同法，少数法官选择同时适用民法通则和合同法，以免法律适用的遗漏。笔者认为，民法通则对民间借贷关系的规定比较原则，主要是从宏观上规定了合法的借贷关系受法律保护;合同法规定得较为具体和明确。合同法是关于合同权利义务关系的基本，通常应优先于民法通则进行适用。总体来说，应根据不同案件的情况准确地适用法律。对于案件涉及代理行为、诉讼时效等问题的认定时，应当适用民法通则。对于案件涉及借贷合同具体的权利义务判断时，则应优先适用合同法。

其次，责任主体的确定问题，司法实务中难以把握。

再者，民间借贷行为的效力认定问题。民间借贷行为的效力分为有效、无效和部分有效三种情形，对于无效行为较易认定，对于违反法律、行政法规的强制性规定的认定，需要认真把握。而对于有效认定。只要民间借贷行为不违反法律、行政法规禁止性规定的借贷行为，应当予以认可，在此前提下，具体视案件的不同情况灵活处理。对于部分效力认定。主要是指对合同基础效力予以认可，应予调整至合法合理程度。

第四，举证责任分配问题。由于现实中民间借贷案件当事人法律风险意识不强，证据保全意识不够，在借贷形式上较为简单和随意，没有书面借据或书面合同，使得查明案件事实较为困难。出借人应当对借款合同关系的成立、借款支付的事实承担举证责任。根据最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第5条规定，在合同纠纷案件中，主张合同关系成立并生效的一方当事人对合同订立和生效的事实承担举证责任，出借人应当提供证据证明其与被告之间存在借款的合同关系，可以是书面证据，也可以其他方式的证据。对于没有书面证据的，出借人应当陈述其借款经过以及实际已将款项出借给借款人的事实。首先，借款人要认可借贷关系的，应当对其已经履行了还款义务及还款金额举证证明。其次，借款人不认可借款事实的存在，在出借人已经尽到上述举证责任的，借款人应当提供相反证据予以抗辩。此外，司法实践中对没有书面证据全无的民间借贷纠纷案件。笔者认为，根据民事诉讼法第108条规定，对于原告要求适格、被告明确、诉讼请求具体，且属于人民法院受理范围的案件，应当立案受理。司法实践中可以要求原告提供书面说明，视为言词证据予以立案。在举证责任的认定上，应当由出借人对其借贷的基础法律关系及借款已经交付的事实负举证责任，被告反驳的，因为原告缺乏有力的证据支撑，依法应当驳回原告的诉讼请求;若被告对借款事实予以认可，只是对还款与否不予认可，举证责任转换给被告，应当由其对还款的事实予以举证证明，若无相应证据支持的，对被告的主张不予采信。对借据的真实性存有异议时的鉴定问题。在诉讼过程中，被告经常会对原告提交借据的真实性提出异议，当借据真伪存疑时，笔者认为，出借人不仅要对借贷内容负举证责任，还应对借款人是谁负有举证责任，在被告否认借款事实存在且无其他证据佐证的情况下，应将申请鉴定的举证责任分配给原告。首先，出借人只有借据无其他证据佐证，借款人对该借据的真实性存在异议的，应由出借人负有举证责任、申请笔迹鉴定，但债务人应当提供笔迹比对样本。其次，出借人既有借据还有其他证据佐证，借款人对该借据的真实性存在异议，但没有证据或者证据不足以推翻出借人主张的事实的，应由借款人负举证责任，申请笔迹鉴定;对于借款人有证据且较为充分，致使双方提供的证据效力难以准确划分的，应根据谁主张、谁举证的举证分配基本原则，由出借人申请笔迹鉴定。对于上述问题，承办法官可以根据庭审查明的情况予以法律释明。经释明后，负有举证责任的一方仍不申请鉴定或者拒不提供笔迹鉴定样本的，应当承担不利的法律后果。

第五，利息、逾期利息及违约金的确定问题。根据现行法律规定，民间借贷可以约定利息、逾期利息及违约金，也可不约定利息。对利息未作明确约定的。根据合同法第二百一十一条的规定，自然人之间的借款合同对支付利息没有约定或者约定不明确的，视为不支付利息。但是，对于有还款期限的，出借人可以主张自还款期限届满之日起的逾期利息，其计算标准以中国人民银行逾期贷款利率标准计算;对于没有还款期限的，自出借人要求借款人归还期限届满之日起按中国人民银行逾期贷款利率标准计算逾期利息。对利息有约定但未约定利率或者约定不明的。此处的约定不明的。这种情况下，按中国人民银行公布的同类贷款基准利率计算利息。但对超出中国人民银行同类贷款利率4倍的不予保护;对于借款期限内的约定利率低于中国人民银行逾期贷款利率标准的，出借人可以要求按后者主张逾期利息。同时对于逾期利息与违约金均有约定的，出借人可以同时主张，但其合计金额不得超出中国人民银行同类贷款利率的4倍。对于约定复利的，不必全都不予支持，而以支持4倍以内的利息为宜;对于预先在本金中扣除利息的，应当按出借人在借款时实际出借的金额确定本金。

第六，提交确认债务非法性的相关证据。这是司法实践中最多见的情形。少数投资公司、担保公司，专业从事资金出借，出示的证据比较规范，看不出高利息的痕迹。并且一般在资金出借前，出借人已要求借款人以现金形式支付高利息或者直接先扣除利息。

第七，民事纠纷与刑事犯罪嫌疑交叉使案件审理更为复杂。司法实践中的非法吸收公众存款案件、非法集资案件的形式外观也表现为被告或原告同一的民间借贷系列案件，人民法院如何在所受理的大量原告或被告同一的民间借贷系列案件中区分出高利贷借款、非法吸收公众存款案件与非法集资案件存在一定难度。

第八，确认借贷关系是否合法。《民法通则》第90条规定：合法的借贷关系受法律保护。如果当事人间的借贷关系不合法，就不能产生借贷的相应法律后果。因此，审理借贷案件首先应确认借贷关系是否合法，这是正确审理借贷案件的前提。司法实践中，由于国家对民事法律关系的干预较少，法官在审判中往往只沿袭借贷关系是否成立，对借贷关系怎样保护的思路，尤其是在案件的事实清楚，证据充分，当事人对案件的事实没有争议的时候，容易忽视对借贷关系合法性的审查，容易造成纵容违法犯罪行为的后果。